通常胃食管反流为胃动力障碍性疾病，未及时治疗，病情较为严重，可引发胃出血、溃疡、食管狭窄，甚至出现癌变。胃食管反流常见的并发症有食管狭窄、食管溃疡、食管缩短及Barrett's食管等。对于轻微的食管狭窄，可以通过饮食限制及药物（PPI）治疗改善。短期单纯性狭窄可以用Teflon扩张器治疗（如Hurst—malonney），必要时可行支架置入治疗。部分患者亦可行外科抗反流手术。
对于食管溃疡，通常需要大剂量PPI和黏膜保护剂的治疗。Barrett's食管是胃食管反流严重的并发症。因其有恶变的可能，应进行内镜随访及活检以早期发现异型增生及腺癌。当患者有低度异型增生时，可采用大剂量的PPI治疗。中重度异型增生或出现结节状增生时可行内镜下激光、电凝、离子凝固术甚至局部食管切除。
1、胃出血
食管反流症状表现较为严重，且发作频率较高，未及时治疗可诱发胃出血。有部分患者以呕血为主要症状；有部分患者以便血为首要症状。胃出血严重可诱发缺铁性贫血。
2、溃疡
食道或胃溃疡也与食管反流有关。食管反流未及时改善，可诱发食道或胃溃疡，患者正常吞咽功能受到影响，严重时食物可穿透动脉导致大出血，危及生命安危。
3、食管狭窄
胃食管反流会影响食管正常功能食管功能出现病变，可导致食管狭窄，波及其他器官可导致其他器官发生病变。
4、癌变
食管反流发生癌变几率较低，但同样不可忽视。未及时治疗存在恶变倾向，诱发食管癌。
